La regione Indopacifica includente i due oceani Indiano e Pacifico presenta una fauna particolarmente rigogliosa e con una fisionomia ben definita.
L'Oceano Indiano con le sue propaggini è quasi interamente situato nella zona equatoriale; le sue aree coralline sono particolarmente sviluppate lungo le coste africane sino alla Somalia, dove a causa della risalita di acque fredde viene impedito lo sviluppo di coralli. Lo stesso fenomeno si verifica lungo le coste meridionali della penisola arabica, del Pakistan e del Mare Arabico risentendo queste anche dell'apporto di acque dolci e sedimenti da parte dei fiumi. Maggiormente conosciute sono invece le barriere delle numerosa isole sparse in questo Oceano, fra le quali spiccano il Madagascar per la sua estensione, le oltre 40 isole dell'arcipelago delle Seychelles e le isole vulcaniche Reunion e Mauritius. Particolarmente interessanti sono poi le formazioni coralline delle isole Laccadive, di Sumatra, Giava e Phuket, e dell'arcipelago delle Maldive, con le sue circa mille isole di cui alcune ancora in via di formazione.
Per quanto concerne i coralli di questa ultima zona menzionata, oggetto di intenso studio, si suppone che il loro sbiancamento sia da imputare principalmente ad un progressivo innalzamento della temperatura dell'acqua fino a 31/32°C, collegato alle corrente del Pacifico sudorientale El Nino, che oltre a provocarne la morte ha anche favorito la comparsa di alghe mai descritte in questa area. Queste, depositandosi sui coralli stessi, schermano la luce solare ed impediscono la sopravvivenza delle alghe simbionti presenti al loro interno. Da sottolineare che indagini effettuate hanno rivelato che un innalzamento prolungato della temperatura media estiva di soli 2°C è sufficiente a causare lo sbiancamento, mentre una prolungata variazione di 4°C superiore ai valori massimi sopportabili dai madreporari ha provoca la morte del 90-95% dei coralli.
I fondali relativamente poco profondi dell'Asia sudorientale (Malesia, Borneo, Filippine) favoriscono lo sviluppo di barriere di piattaforma, barriere di frangenti ed atolli, determinando una delle fasce più ricche di vita dell'intero Indopacifico, al cui livello è possibile rinvenire molte specie endemiche.
L'Oceano Pacifico occidentale comprende invece una vasta regione caratterizzata da numerose isole, come le Fiji, le Nuove Ebridi, l'arcipelago delle Tonga, le Samoa, le Cook, le circa 120 isole vulcaniche e coralline costituenti la Polinesia, gli atolli, circa 80, delle Tuamotu e le Hawaii, con reef costituiti spesso per lo più da alghe incrostanti.
Numerose sono le specie ittiche dell'Indopacifico, circa 4000 solo nell'Oceano Indiano, fra cui oltre alle varie tipologie di squalo ("squalo balena", "squalo nutrice", "squalo tappeto" con corpo appiattito ed adattato alla vita sul fondo, "squalo pinne nere", "squalo grigio di scogliera" e "squalo martello"), è possibile trovare la manta, il "pesce coccodrillo" (Cociella crocodila) diffuso dall'Oceano Indiano alle Filippine, i pesci volanti ed il "black marlin" (Makaira indica); inoltre diversi sgombroidi e varie altre famiglie, di cui alcune tipicamente tropicali, sono proprie dell'Indopacifico.
